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官宣|清华大学张奇伟团队与MG娱乐网站网址正式签署合作协议

发布时间:2020-1-10 9:56:28阅读次数: 分享到:

        1月9日,清华信息科学技术国家实验室张奇伟团队高军涛副研究员到访MG娱乐网站网址武汉总部开展学术交流,并与MG娱乐网站网址就三维成像技术合作举行了签约仪式。经清华大学审批同意,张奇伟团队和MG娱乐网站网址将整合各自平台优势,共同推动包括三维基因组可视化验证在内的FISH技术、Imaging技术、单细胞三维基因组等相关技术开发和转化推广。签约仪式后,高军涛副研究员以“用于三维基因组学的新方法开发”为题进行了学术报告,为大家系统介绍了清华团队开发的两个系列方法:FISH系列和显微成像系列。


        为了更好地理解基因调控机制,人们开发了多种方法来研究三维基因组中染色质的相互作用。目前,最常用的是两种方法:分子生物学方法、成像方法。例如,人们利用荧光显微镜来研究1.4μm直径的染色体,用超分辨率显微镜来研究30nm直径的染色质纤维,用电子显微镜(EM)来研究2nm直径的DNA双螺旋。FISH(fluorescence in situ hybridization)技术是通过荧光素标记的DNA探针与样本细胞核内的DNA靶序列杂交,从而可以在显微镜下可视化细胞核内染色体或基因的状态,一直以来与基于染色质构象捕获的各种技术(如3C、4C、Hi-C)互补,成为研究染色质结构不可或缺的重要技术之一。

(Bertero et al. 2019, Nature Communication)


        近年来,由于目前传统FISH及其衍生方法在解决三维基因组中染色质互作上的分辨率局限性,染色质相互作用的成像一直是瓶颈。许多具有较高基因组分辨率的先进FISH方法如OligoPaint、HD-FISH、Cas-FISH和MB-FISH等得到了发展,但它们要么技术复杂,要么价格昂贵。此次报告中,高军涛副研究员详细介绍了分子信标 FISH 和一种基于聚合酶链式反应(PCR)的经济有效的成像方法Tn5-FISH。Tn5-FISH的分辨率比传统FISH高达一个数量级以上,为临床检测肿瘤细胞遗传学变化提供了一种更有力的分子诊断工具。

        在显微成像方面,高军涛副研究员介绍了荧光超分辨偏振显微镜SDOM(super-resolution polier orientation mapping)及其系列方法:基于群稀疏性的 SDOM(GS-SDOM)、SERS-SDOM 等技术。结合目前开发的新型超分辨显微镜技术和各种FISH技术,人们将能更详细地检测3D基因组中的染色质结构,更好地了解基因转录和调控的机制。


        MG娱乐网站网址专注于三维基因组学技术,业务范围涵盖3C、4C、Hi-C、Capture Hi-C、ATAC-seq、CUT&Tag等技术,多年来不断推进三维基因组学新技术开发,引进了全球首批Sequel II平台。此次合作旨在利用Tn5酶的特性开发一种高效高分辨率FISH探针的制备方法,其基因组分辨率可达亚kb级别,为目前公开的方法中分辨率最高的技术。与传统FISH相比,无需BAC克隆,成本低,速度快,灵活且精准;与化学合成探针相比,成本低廉,不受参考基因组的限制,DNA标记精准;与分子信标和锁核苷酸技术相比,标记相同长度的一段基因组序列,所需成本是前者的百分之一。该技术的合作将有效扩大公司三维基因组的应用,整合积累的三维基因组学研究经验,继续发挥MG娱乐网站网址在三维基因组学研究领域的技术优势。


高军涛老师简介


        2005年,德国海德堡大学和德国癌症研究中心(DKFZ), 获得系统生物学博士学位。

        2006-2010年,美国Stowers医学研究所,博士后。

        2012年-至今:清华信息科学技术国家实验室,副研究员。

        主要科研领域及方向:利用细胞超分辨率成像、分子成像和生物信息学的方法进行基因组三维结构和系统生物学的 研究;基于成像、生命科学大数据和天然植物提取物的药物筛选。已在包括Nature、PNAS、Nucleic Acids Research在内的国际杂志上发表SCI论文30篇,承担或以主要参与者身份参与4项国家级研究项目。


张奇伟教授简介

        1981年,获中国科技大学学士学位。

        1987年,获美国Rutgers大学博士学位。

        1991年加入美国冷泉港实验室,并于2002年成为冷泉港实验室首位取得Full professor职位的华人科学家。

        2009-至今,清华大学信息学院与医学院双聘教授,生命学院兼职教授,博导,清华信息国家实验室合成与系统生物实验室主任。

        张奇伟教授是国际生物信息学界的权威科学家,在物理图谱、基因发现、非编码区及启动子识别、可变剪接、细胞周期调控、比较基因组学及干细胞分化等研究方面有突出成就,是世界上较早进行跨学科生物信息学研究的科学家之一,在模式识别和统计分析等方面也进行了卓有成效的研究,是多家国际权威期刊编委及美国NSF和NIH评审人。




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